После окончания годичной школы милиции 16 июня 1941 года был командирован в Брестскую область в погранвойска. Выполнив свою работу, вместе с другими работниками милиции ночевали 21 июня на вокзале в Бресте, затем выехали в Минск. Вот как вспоминает сам Алексей Алексеевич: «Когда наш поезд проехал километров 8, на него налетели три немецких самолета и стали его обстреливать с двух сторон. А когда боеприпасы у них закончились, появились еще три самолета и продолжали обстрел. От нашего состава остались только металлические ребра, много было трупов, раненых. К вечеру нас привезли в Минск. Ночевал я вместе со всеми в здании школы. Так началась моя военная жизнь».  Алексей Алексеевич Иванков освобождал города Польши и Германии, закончил войну в звании капитана на берегах Эльбы в районе города Штеттин. Принимал участие во встрече с американскими солдатами и офицерами на реке Эльбе. Среди 20 наград фронтовика  - медаль «За взятие Берлина».